Отечественный рынок систем электронного документооборота развивается достаточно активно, однако существует ряд проблем, затрудняющих этот процесс. Как в государственном секторе, так и в сфере бизнеса существуют препятствия, мешающие использованию СЭД в качестве основного инструмента для хранения и обмена документами.

Одной из главных проблем электронного документооборота в России является юридический статус электронных документов. Так как обязательной является бумажная копия документа, сама возможность безбумажного документооборота вызывает недоверие руководителей. При этом возникает проблема хранения электронных документов в государственных архивах.

Такой неустойчивый статус негативно влияет и на отношение к ЭДО бизнес-сообщества. Если для внутренних нужд компаний СЭД применяются вполне успешно, то при взаимодействии с госсектором могут возникать трудности, связанные с отсутствием обязательных стандартов электронного документооборота.

Для среднего и малого бизнеса внедрение СЭД осуществляется в основном по собственной инициативе, и успех реализованных в этой сфере проектов может со временем способствовать большей заинтересованности государства в развитии электронного документооборота.